Pada tanggal  20 Desember 1919 ( pada jaman penjajahan Belanda) desa Margomulyo terbagi menjadi 2 (dua) Dukuhan yaitu Dukuh Kerek dan Dukuh Winong. Desa Margomulyo dipimpin oleh Petinggi (Kepala Desa) dan dibantu ditiap Dukuhan dipimpin Oleh seorang Kamituwo ( Kepala Dusun) dan dibantu oleh, Carik( sekdes) Kebayan (kepala Urusan dan Kepala Seksi) serta Jogoboyo serta petengan dan kepolo-kepolo. Seiring dengan perkembangan zaman kedua dukuhan tersebut berubah menjadi satu Desa yaitu Desa Margomulyo yang terdiri dari 2 (dua) dusun antara lain Dusun Kerek dan Dusun Winong.

Sejak terbentuknya desa Margomulyo telah mengalami pergantian kepemimpinan ( Kepala Desa ) sebagai berikut :

Adapun Silsilah Kepala Desa Margomulyo adalah Sebagai berikut :

1. Tahun 1920 s/d 1944, dipimpin oleh Moeslim
2. Tahun 1944 s/d 1974, dipimpin oleh Murdiman (H. Anwar)
3. Tahun 1974 s/d 1999, dipimpin oleh Soeherman
4. Tahun 1999 s/d 2013, dipimpin oleh Wasi'un
5. Tahun 2013 s/d 2019, dipimpin oleh Mariyah
6. Tahun 2019 s/d sekarang, dipimpin oleh Wasi'un